Znajdująca się w jelitach mikroflora pełni bardzo ważną rolę, a zaburzenia w jej składzie i funkcjonowaniu od razu znajdują odzwierciedlenie w różnego rodzaju problemach zdrowotnych. Flora bakteryjna nie tylko odpowiada za trawienie włókna ale również za produkcję witamin K, B oraz niezbędnych aminokwasów i białek, stymuluje odpowiedź immunologiczną, neutralizuje toksyny, a także chroni przed patogenami. Liczba i rodzaj mikroorganizmów jelitowych w pewnym stopniu zależy od typu podawanej paszy. Ważne jest aby każda racja żywnościowa była możliwie jak najbardziej do siebie podobna pod względem składu, a wszelkie modyfikacje w żywieniu powinno się dokonywać stopniowo, tak aby mikroflora zdążyła przystosować się do wprowadzonych zmian. Bakterie jelita grubego są bardzo wrażliwe i nawet najmniejszy brak równowagi w ich otoczeniu powoduje spadek liczby tych mikroorganizmów, co najczęściej skutkuje różnego rodzaju zaburzeniami pokarmowymi i zdrowotnymi (ochwat, zespół metaboliczny).
Degradujący wpływ na dobroczynną florę ma wiele czynników, między innymi niewłaściwa dieta i zła jakość jej komponentów, stres, leki czy choroba. W przeprowadzonych badaniach wykazano, że jednorazowa, standardowa dawka dowolnego antybiotyku zmniejsza liczbę bakterii rozkładających błonnik o ponad sto tysięcy. Podobnie zbyt duży udział skrobi w stosunku do błonnika podnosi produkcję lotnych kwasów tłuszczowych i kwasu mlekowego przez niektóre gatunki bakterii jelitowych, co przekłada się na obniżenie pH jelita grubego i złą kondycję błony śluzowej.
Wprowadzenie do diety preparatów probiotycznych, które wzbogacą jelito o dobroczynne bakterie może okazać się kluczowe dla zahamowania rozwoju chorobotwórczych mikroorganizmów, a tym samym w utrzymaniu konia w zdrowiu i optymalnej formie.